refactor: finish startup settings migration

docs/refactor/backend-architecture-next-stage.md

@@ -1074,6 +1074,9 @@ Doctor、factory、main 与 CLI 的部署读取切换到动态运行时端口，
 配置债务由 24 个文件降至 19 个，Doctor、启动、CLI 与数据库迁移专项测试通过。
 FS proxy、Local/WebPush 存储适配以及 Module host adapter 切换到动态运行时端口，保留 global_vars、能力
 快照与模块契约行为；配置债务由 19 个文件降至 15 个，文件存储、WebPush 与 Module contract 专项测试通过。
+启动 Agent、数据库、领域、生命周期和插件初始化模块切换到动态运行时端口；组合根 provider 明确绑定原始
+Settings，避免代理自递归，配置债务由 15 个文件降至 8 个。数据库引擎/Session 与下载器模块保留底层
+Settings 读取作为基础设施边界，架构基线已明确记录该例外，启动与架构专项测试通过。
 
 同日修正适配器配置下沉边界：OCR、CookieCloud、DoH、Rust 和资源签名等低层实现不再直接依赖
 `app.application`，由 `app.runtime.settings` 端口承接组合根注入；未启动装配时仍回退旧 Settings ABI，