refactor: route startup and cli settings through runtime

docs/refactor/backend-architecture-next-stage.md

@@ -1070,6 +1070,8 @@ QQ、Telegram、WeChat、WeChatClawBot 与字幕模块切换到动态运行时
 配置债务由 39 个文件降至 34 个，消息与字幕专项测试通过。
 TMDB、TVDB 与 TriMedia 模块切换到动态运行时配置，缓存、重试、媒体源和登录兼容行为保持；配置债务由 34 个
 文件降至 24 个，TMDB、媒体源与 TriMedia 专项测试通过。
+Doctor、factory、main 与 CLI 的部署读取切换到动态运行时端口，CLI 仍保留 `Settings` 类型清单和旧命令 ABI；
+配置债务由 24 个文件降至 19 个，Doctor、启动、CLI 与数据库迁移专项测试通过。
 
 同日修正适配器配置下沉边界：OCR、CookieCloud、DoH、Rust 和资源签名等低层实现不再直接依赖
 `app.application`，由 `app.runtime.settings` 端口承接组合根注入；未启动装配时仍回退旧 Settings ABI，