refactor: route runtime extension settings through port

docs/refactor/backend-architecture-next-stage.md

@@ -1052,6 +1052,8 @@ Agent 能力适配器、记忆和提示词模块改用 `RuntimeSettingsCompat`
 配置债务由 98 个文件降至 93 个，LLM、Agent 生命周期与工具专项测试通过。
 技能注册表、插件工具辅助、终端会话和语音工具也已切换到动态运行时端口，技能市场写入改走配置服务；
 配置债务由 93 个文件降至 89 个，技能、工具和安全专项测试通过。
+运行时状态、线程池、插件目录/管理器和模块管理器随后切换到同一动态运行时端口，保留旧模块覆盖语义；
+配置债务由 89 个文件降至 84 个，插件、模块生命周期与线程安全专项测试通过。
 
 同日修正适配器配置下沉边界：OCR、CookieCloud、DoH、Rust 和资源签名等低层实现不再直接依赖
 `app.application`，由 `app.runtime.settings` 端口承接组合根注入；未启动装配时仍回退旧 Settings ABI，