feat(agent): 新增 apply_patch 多文件补丁编辑工具

参考 Codex apply_patch 设计，支持单次调用对多个文本文件执行新增、
更新和删除：补丁以 *** Begin Patch / *** End Patch 包裹，Update 段
用 @@ 分隔 hunk，上下文行须与当前内容精确一致；先整体校验全部文件
操作，通过后才逐个原子写盘，并以校验期 sha256 防止并发修改。

- 工具描述与系统提示词明确 apply_patch / edit_file / write_file 分工：
  跨多文件或增删文件用 apply_patch，单文件单处替换用 edit_file
- 注册进工具工厂与 ALWAYS_INCLUDE 列表，加入策略 inventory 与
  MCP 隐藏列表，流式回调归类为 file_write
- 同步 create-moviepilot-plugin / publish-moviepilot-plugin /
  create-moviepilot-skill 技能的 allowed-tools 与版本
- 新增 tests/test_agent_apply_patch.py 覆盖解析、多文件应用、
  整体拒绝、权限边界与版本冲突场景

docs/mcp-api.md

@@ -291,7 +291,7 @@ TMDB 缓存查询响应的 `data` 包含 `count`、`recognized`、`unrecognized`
 内置工具的 `inputSchema` 只包含实际执行业务所需的参数，不包含用于解释调用原因的通用 `explanation` 参数，以减少 Agent 上下文消耗。插件工具的参数结构由插件自身声明。
 
 内置 Agent 的本地文件与命令工具 `read_file`、`write_file`、`edit_file`、
-`execute_command` 不通过 MCP 暴露。这些工具在 Agent 运行时执行独立的
+`apply_patch`、`execute_command` 不通过 MCP 暴露。这些工具在 Agent 运行时执行独立的
 用户权限与路径边界检查；MCP 隐藏列表只负责收敛接口暴露面，不替代权限控制。
 其中 `read_file` 单次最多返回 50KB 文件内容；超出时会截断并提示 Agent 使用
 `start_line`、`end_line` 指定更小的行号范围继续读取。